Niektorí dospelí, ale aj deti neznášajú totiž zmeny teplôt veľmi dobre. Striedavý pobyt v teple a chlade môže spôsobiť angíny, ochorenie horných dýchacích ciest, astmu, zhoršenie alergií alebo ich dokonca spustiť, ľudia môžu mať problémy so suchými a podráždenými očami. Pobyt v klimatizovaných priestoroch môže vyvolať aj bolesti kĺbov, nádchu, suchý a dráždivý kašeľ, bolesti hlavy, bolesti krčnej chrbtice.
Pri správnom používaní klimatizácie sa môžu prípadné zdravotné problémy zmierniť alebo im možno úplne predísť. Základom úspechu je, že medzi vnútorným a vonkajším prostredím nesmie byť príliš vysoký teplotný rozdiel. Veľa ľudí nastavuje klimatizáciu na nízke teploty okolo dvadsať a menej stupňov. V horúcich letných mesiacoch, keď je vonku viac ako tridsať stupňov, je teplota okolo dvadsiatky príliš nízka a predstavuje pre organizmus záťaž. Ľudské telo oveľa lepšie znáša teplotný rozdiel iba 5 až 7 oC. Ak je teda vonku 33 stupňov, potom by klimatizácia mala byť nastavená maximálne na 26 stupňov.
Časté prechody medzi rôzne teplými miestnosťami prinášajú totiž telu teplotný šok. Výrazné teplotné rozdiely škodia najmä deťom. Deti by preto nemali tráviť čas v priestoroch, kde je teplota oproti vonkajšiemu prostrediu nižšia o viac ako sedem stupňov. Zdá sa vám sedemstupňový rozdiel malý? Radšej, ako ďalšie znižovanie teploty v miestnosti, použite napríklad otočný ventilátor. Ani v klimatizovaných priestoroch nezabúdajte na pitný režim. Dôležité je aj udržiavať vlhkosť vzduchu, a to najlepšie medzi 40 až 60 %.
Len čo je niekde klimatizácia, ľudia zabúdajú vetrať. Klimatizácia síce zaručí príjemnú izbovú teplotu, ale obmedzí prísun čerstvého vzduchu. Prísun čerstvého vzduchu predchádza bolestiam hlavy, únave a nesústredenosti. V klimatizovaných priestoroch človek navyše necíti takú silnú potrebu piť ako pri pobyte vonku. Medzi nesporné výhody klimatizácie patrí možnosť upravovať vlhkosť vzduchu v miestnosti. Ak je totiž vlhkosť prostredia, v ktorom sa človek pohybuje alebo pracuje príliš vysoká, organizmus má sťaženú možnosť odparovania, a teda zadržiava vlhkosť – potom sa nadmerne potí a telo sa prehrieva.
Mnoho klimatizačných systémov sa vyrába s ohľadom na alergikov. Filtre, ktoré sú súčasťou klimatizácií, dokážu zachytiť miniatúrne častice ako prach, cez plazmové filtre neprejdú dokonca ani baktérie alebo plesne. Biofiltre zase sterilizujú vzduch, ionizátory chemickými reakciami zlikvidujú nepríjemné pachy. Ak je klimatizácia pravidelne čistená, netreba sa obávať šírenia chorôb klimatizačným systémom.